alapító hatás
a genetikai divergencia egyik lehetséges oka az alapító hatás, amikor néhány egyed elszigetelődik eredeti populációjától. Ezek az egyének felülreprezentálhatnak egy bizonyos genetikai mintát, ami azt jelenti, hogy bizonyos biológiai jellemzők felülreprezentáltak. Ezek az egyének új populációt alkothatnak, az eredeti populációtól eltérő génkészletekkel. Például az eredeti lakosság 10% – ának kék, 90% – ának barna szeme van. Véletlenül 10 egyént választanak el az eredeti populációtól. Ha ennek a kis csoportnak 80% kék és 20% barna szeme van, akkor utódaik nagyobb valószínűséggel rendelkeznek a kék szem alléljával. Ennek eredményeként a kék szemű lakosság aránya magasabb lenne, mint a barna szemű népességé, amely eltér az eredeti népességtől.
szűk keresztmetszet hatása
a genetikai divergencia másik lehetséges oka a szűk keresztmetszet. A szűk keresztmetszet az, amikor egy esemény, például egy természeti katasztrófa, a lakosság nagy részének halálát okozza. Véletlenül bizonyos genetikai minták felülreprezentáltak lesznek a fennmaradó populációban, ami hasonló ahhoz, ami az alapító hatással történik.
zavaró kiválasztás
a genetikai divergencia földrajzi elválasztás nélkül, zavaró szelekció révén fordulhat elő. Ez akkor fordul elő, amikor mind a magas, mind az alacsony fenotípusos szélsőségekkel rendelkező populációban az egyének fittebbek, mint a köztes fenotípus. Ezek az egyének két különböző rést foglalnak el, minden résen belül Gauss-tulajdonság-Eloszlás van. Ha a rések közötti genetikai variáció magas, akkor erős lesz reproduktív elszigeteltség. Ha a genetikai variáció egy bizonyos küszöb alatt van, akkor introgresszió lép fel, de ha a variáció egy bizonyos küszöb felett van, akkor a populáció felosztható, ami speciációt eredményez.
zavaró szelekció látható a Darwin pintyek bimodális populációjában, Geospiza fortis. A két mód szakosodott eszik különböző típusú magok kicsi és puha versus nagy és kemény, ez azt eredményezi, csőr különböző méretű, különböző erő kapacitások. A közepes csőrmérettel rendelkező egyének ellen kerülnek kiválasztásra. A dal szerkezete és a dalra adott válasz szintén különbözik a két mód között. A G. fortis két módja között minimális a génáramlás.