Effetto fondatore
Una possibile causa di divergenza genetica è l’effetto fondatore, che è quando alcuni individui vengono isolati dalla loro popolazione originale. Questi individui potrebbero sovrarappresentare un certo modello genetico, il che significa che alcune caratteristiche biologiche sono sovrarappresentate. Questi individui possono formare una nuova popolazione con diversi pool genetici dalla popolazione originale. Ad esempio, il 10% della popolazione originale ha gli occhi azzurri e il 90% ha gli occhi marroni. Per caso, 10 individui sono separati dalla popolazione originale. Se questo piccolo gruppo ha 80% occhi azzurri e 20% occhi marroni, allora la loro prole sarebbe più probabile avere l’allele per gli occhi azzurri. Di conseguenza, la percentuale della popolazione con gli occhi azzurri sarebbe superiore alla popolazione con gli occhi marroni, che è diversa dalla popolazione originale.
Effetto collo di bottiglia
Un’altra possibile causa di divergenza genetica è l’effetto collo di bottiglia. L’effetto collo di bottiglia è quando un evento, come un disastro naturale, provoca una gran parte della popolazione a morire. Per caso, alcuni modelli genetici saranno sovrarappresentati nella popolazione rimanente, il che è simile a ciò che accade con l’effetto fondatore.
Selezione dirompente

La divergenza genetica può verificarsi senza separazione geografica, attraverso una selezione dirompente. Ciò si verifica quando gli individui in una popolazione con estremi fenotipici alti e bassi sono più in forma del fenotipo intermedio. Questi individui occupano due nicchie diverse, all’interno di ogni nicchia c’è una distribuzione dei tratti gaussiani. Se la variazione genetica tra le nicchie è elevata, ci sarà un forte isolamento riproduttivo. Se la variazione genetica è al di sotto di una certa soglia di introgressione si verificherà, ma se la variazione è al di sopra di una certa soglia la popolazione può dividere con conseguente speciazione.
La selezione dirompente è stata osservata nella popolazione bimodale dei fringuelli di Darwin, Geospiza fortis. Le due modalità si specializzano nel mangiare diversi tipi di semi piccoli e morbidi contro grandi e duri, questo si traduce in becchi di diverse dimensioni con diverse capacità di forza. Gli individui con dimensioni intermedie del becco sono selezionati contro. Anche la struttura del brano e la risposta al brano differiscono tra le due modalità. C’è un flusso genico minimo tra le due modalità di G. fortis.