Founder Effect
en mulig årsak til genetisk divergens er founder effect, som er når noen få individer blir isolert fra sin opprinnelige populasjon. Disse personene kan overrepresentere et bestemt genetisk mønster, noe som betyr at visse biologiske egenskaper er overrepresentert. Disse individene kan danne en ny populasjon med forskjellige genpuljer fra den opprinnelige populasjonen. For eksempel har 10% av den opprinnelige befolkningen blå øyne og 90% har brune øyne. Ved en tilfeldighet er 10 personer skilt fra den opprinnelige befolkningen. Hvis denne lille gruppen har 80% blå øyne og 20% brune øyne, vil deres avkom være mer sannsynlig å ha allelet for de blå øynene. Som et resultat vil andelen av befolkningen med blå øyne være høyere enn befolkningen med brune øyne, noe som er forskjellig fra den opprinnelige befolkningen.
Flaskehalseffekt
en annen mulig årsak til genetisk divergens er flaskehalseffekten. Flaskehalseffekten er når en hendelse, som en naturkatastrofe, fører til at en stor del av befolkningen dør. Ved en tilfeldighet vil visse genetiske mønstre være overrepresentert i den gjenværende befolkningen, noe som ligner på hva som skjer med grunnleggereffekten.
Forstyrrende Utvalg
Genetisk divergens kan oppstå uten geografisk separasjon, Gjennom Forstyrrende utvalg. Dette skjer når individer i en populasjon med både høye og lave fenotypiske ekstremer er bedre enn den mellomliggende fenotypen. Disse personene okkuperer to forskjellige nisjer, innenfor hver nisje er Det Gaussisk trekkfordeling. Hvis den genetiske variasjonen mellom nisjer er høy, vil det være sterk reproduktiv isolasjon. Hvis genetisk variasjon er under en viss terskel enn introgression vil oppstå, men hvis variasjonen er over en viss terskel populasjonen kan splitte resulterer i artsdannelse.
Disruptiv seleksjon er sett i Den Bimodale populasjonen Av Darwins finker, Geospiza Fortis. De to modiene spesialiserer seg på å spise forskjellige typer frø små og myke versus store og harde, dette resulterer i nebber av forskjellige størrelser med forskjellig kraftkapasitet. Personer med mellomliggende nebbstørrelser er valgt mot. Sangstrukturen og responsen på sangen varierer også mellom de to modusene. Det er minimal genstrøm mellom De To modusene Av G. fortis.