Stichtereffect
een mogelijke oorzaak van genetische divergentie is het stichtereffect, dat is wanneer enkele individuen geïsoleerd raken van hun oorspronkelijke populatie. Die individuen kunnen een bepaald genetisch patroon oververtegenwoordigen, wat betekent dat bepaalde biologische kenmerken oververtegenwoordigd zijn. Deze individuen kunnen een nieuwe bevolking met verschillende genpoelen van de originele bevolking vormen. Zo heeft 10% van de oorspronkelijke bevolking blauwe ogen en 90% bruine ogen. Bij toeval worden 10 individuen gescheiden van de oorspronkelijke populatie. Als deze kleine groep 80% blauwe ogen en 20% bruine ogen heeft, dan is de kans groter dat hun nakomelingen het allel voor de blauwe ogen hebben. Als gevolg daarvan zou het percentage van de bevolking met blauwe ogen hoger zijn dan de bevolking met bruine ogen, wat verschilt van de oorspronkelijke bevolking.
Bottleneck Effect
een andere mogelijke oorzaak van genetische divergentie is het bottleneck effect. Het knelpunt is wanneer een gebeurtenis, zoals een natuurramp, een groot deel van de bevolking doet sterven. Bij toeval zullen bepaalde genetische patronen oververtegenwoordigd zijn in de resterende populatie, wat vergelijkbaar is met wat er gebeurt met het stichtereffect.
disruptieve selectie
genetische divergentie kan optreden zonder geografische scheiding, door disruptieve selectie. Dit komt voor wanneer de individuen in een bevolking met zowel hoge als lage fenotypic uitersten fitter zijn dan het tussenliggende fenotype. Deze individuen bezetten twee verschillende niches, binnen elke niche is er Gaussiaanse trait distributie. Als de genetische variatie tussen niches hoog is dan zal er een sterke reproductieve isolatie zijn. Als de genetische variatie onder een bepaalde drempel is dan zal introgressie voorkomen maar als de variatie boven een bepaalde drempel is kan de bevolking splitsen resulterend in speciatie.
disruptieve selectie wordt gezien bij de bimodale populatie van Darwinvinken, Geospiza fortis. De twee modi zijn gespecialiseerd in het eten van verschillende soorten zaden klein en zacht versus groot en hard, dit resulteert in snavels van verschillende grootte met verschillende krachtcapaciteiten. Individuen met tussenliggende snavel maten worden geselecteerd tegen. De structuur van het lied en de reactie op het lied verschilt ook tussen de twee modi. Er is een minimale genstroom tussen de twee modi van G. fortis.