efect fondator
o posibilă cauză a divergenței genetice este efectul fondator, care este atunci când câțiva indivizi devin izolați de populația lor inițială. Acei indivizi ar putea supra-reprezenta un anumit tipar genetic, ceea ce înseamnă că anumite caracteristici biologice sunt supra-reprezentate. Acești indivizi pot forma o nouă populație cu bazine genetice diferite de populația inițială. De exemplu, 10% din populația inițială are ochi albaștri și 90% are ochi căprui. Din întâmplare, 10 indivizi sunt separați de populația inițială. Dacă acest grup mic are 80% ochi albaștri și 20% ochi căprui, atunci descendenții lor ar avea mai multe șanse să aibă alela pentru ochii albaștri. Drept urmare, procentul populației cu ochi albaștri ar fi mai mare decât populația cu ochi căprui, care este diferită de populația inițială.
efect de strangulare
o altă posibilă cauză a divergenței genetice este efectul de strangulare. Efectul de strangulare este atunci când un eveniment, cum ar fi un dezastru natural, determină o mare parte a populației să moară. Din întâmplare, anumite modele genetice vor fi suprareprezentate în populația rămasă, ceea ce este similar cu ceea ce se întâmplă cu efectul fondator.
selecție perturbatoare

divergența genetică poate apărea fără separare geografică, prin selecție perturbatoare. Acest lucru se întâmplă atunci când indivizii dintr-o populație cu Extreme fenotipice atât înalte, cât și joase sunt mai potriviți decât fenotipul intermediar. Acești indivizi ocupă două nișe diferite, în cadrul fiecărei nișe există distribuția trăsăturilor gaussiene. Dacă variația genetică dintre nișe este ridicată, atunci va exista o izolare reproductivă puternică. Dacă variația genetică este sub un anumit prag, va avea loc introgresia, dar dacă variația este peste un anumit prag, populația se poate împărți rezultând speciație.
selecția perturbatoare este văzută în populația bimodală a cintezelor lui Darwin, Geospiza fortis. Cele două moduri se specializează în consumul diferitelor tipuri de semințe mici și moi față de mari și tari, ceea ce duce la ciocuri de diferite dimensiuni cu capacități de forță diferite. Persoanele cu dimensiuni intermediare ale ciocului sunt selectate împotriva. Structura melodiei și răspunsul la melodie diferă, de asemenea, între cele două moduri. Există un flux genetic minim între cele două moduri de G. fortis.